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Novo sistema de numeração permite a comparabilidade dos domínios proteicos

O sistema de numeração identifica elementos da estrutura secundária do domínio de ganho: seis hélices alfa (H1-H6) e 14 fios (S1-S14) de um folheto beta. Isso permite que diferentes representantes desse domínio sejam comparados com a precisão posicional.

Os GPCRs de adesão são um grupo de sensores de superfície celular associados a muitas funções e doenças corporais. No entanto, eles ainda não foram investigados suficientemente para usá -los para terapias. O Centro de Pesquisa Colaborativa 1423 da Universidade de Leipzig pretende mudar isso. Cientistas da Faculdade de Medicina agora desenvolveram um sistema inovador de numeração para o domínio de ganho, um domínio proteico que é comum a todos os GPCRs de adesão. Deve ajudar a classificar melhor o papel desse domínio de proteína em doenças e abrir o caminho para abordagens experimentais mais precisas. O trabalho foi publicado na revista Nature Communications.

Os receptores acoplados à proteína G da adesão formam uma grande classe de proteínas da membrana que reconhecem estímulos químicos e mecânicos no corpo. O domínio de ganho desempenha um papel central na ativação dos GPCRs de adesão. Até agora, a pesquisa era limitada pela baixa similaridade da sequência de aminoácidos de diferentes domínios de ganho, que dificultou a transferência de conhecimento e as análises comparativas. O novo sistema de numeração desenvolvido por pesquisadores da Universidade de Leipzig agora cria uma base uniforme para a transferência precisa dos resultados da pesquisa entre diferentes sistemas modelo e humanos. Baseia -se na análise estrutural de mais de 14.000 estruturas modeladas do domínio de ganho, que foram geradas usando os métodos mais recentes de IA.

Peter Hildebrand, professor de membrana e biofísica celular da Universidade de Leipzig, que liderou o estudo com participação internacional, diz: “Nosso novo sistema de numeração é um passo importante na pesquisa de GPCR. Facilita a pesquisa básica e promove estudos comparativos. Base sólida para pesquisas posteriores de biologia bioquímica, bioinformática e estrutural “. O sistema recém-desenvolvido permite, por exemplo, entender melhor as mutações relevantes para a doença nos domínios de ganho, o que fornece uma visão mais profunda de seu papel em doenças como o câncer.

Análise pode ser usada para doença renal

Na publicação atual, os cientistas descobriram que seu sistema de numeração também permite a análise e a comparação dos domínios de ganho das proteínas policísticas da doença renal. Esta doença genética leva à formação de cistos cheios de fluido nos rins e outros órgãos.

Florian Seufert, primeiro autor da atual publicação e doutorado do Instituto de Física Médica e Biofísica, diz: “O trabalho interdisciplinar no SFB1423 e nossos contatos em Berlim e Copenhague trazem uma variedade de perspectivas a um projeto como este. nos permitiu desenvolver nosso sistema de maneira fácil de usar, abrindo a porta para inúmeras novas oportunidades de pesquisa.

O novo sistema de numeração foi integrado ao banco de dados internacionalmente amplamente utilizado em GPCRs, facilitando o acesso global e a troca de conhecimento para os pesquisadores.

Publicação original In Nature Communications: numeração de resíduos genéricos do domínio de ganho dos GPCRs de adesão. Doi: https://doi.org/10.1038/s41467-024-55466-6

A publicação atual foi produzido Como parte do Centro de Pesquisa Colaborativa 1423 “Dinâmica estrutural da ativação do GPCR e transdução de sinal”, que é financiada pela Fundação de Pesquisa Alemã (DFG). Peter Hildebrand também está atualmente envolvido em uma publicação em pesquisa de GPCR no diário Nature Reviews Drug Discovery .

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